章程定后,于铁路两端(绥芬河、满洲里),各设税务分局,于哈尔滨设总局。
其后日本援照此项章程,1913年5月,由日公使伊集院与总税务司安格联,订立《满韩关税减轻协定》。由满洲输出新义州以外及由新义州以外输入满洲的货物,都照海关税率减征三分之一,其输入满洲的通过税,照海关税率,减三分之二征收。
至于法在越南,英在缅甸,进出口税亦有照海关税率减十之三四的条约,但系互换局部经济利益的。
1922年1月8日,大总统令:“中俄所订条约,暨《陆路通商章程》,已届第四次十年期满……现在俄国正式政府,尚未成立,无从提议。政府为利便两国商务起见,现经决定:在中俄未改订新约以前,所有关于《中俄条约》及《通商章程》内规定之三分减一税法,暨免税区域,免税特品各种办法,自本年4月1日起,应即毋庸继续履行。嗣后俄商由俄国运来货物,及在中国运出洋土各货,应完进出口税项,均照现行海关进出口税则完纳,以昭公允。”这道命令下后,俄人有不满意的说:中国不应不同他商量。姑无论现在有没有商量的必要;而报载第三次期满时,俄国未得我国同意,即将交界百里内免税的章程取消;有1913年前东海滨省税务监督奉俄政府命令所出布告为凭。此项证据,业经被我国搜得。则替他交涉,更不怕没有理由了。总之税法要适合时势,中国各项税法,几于都是很陈旧而不适于时势的,所以不得不谋改订。《陆路通商章程》亦是其中之一,倒也不单为增加区区的税入。《满韩国境关税减轻协定》,原是援照俄国之例而来。所以《中俄陆路通商章程》废后,中国虽通告日本,要求将此项协定,亦行废止。日本说:英法在缅越,亦有减税办法。日本对中国,是有最惠国条约的。此项《减税协定》,只能依照《九国关税条约》,由特别会议秉公调剂,不能因《中俄陆路通商章程》废止而受影响,所以当时还是照旧。