章程定后，于铁路两端（绥芬河、满洲里），各设税务分局，于哈尔滨设总局。
其后日本援照此项章程，1913年5月，由日公使伊集院与总税务司安格联，订立《满韩关税减轻协定》。由满洲输出新义州以外及由新义州以外输入满洲的货物，都照海关税率减征三分之一，其输入满洲的通过税，照海关税率，减三分之二征收。
至于法在越南，英在缅甸，进出口税亦有照海关税率减十之三四的条约，但系互换局部经济利益的。
1922年1月8日，大总统令：“中俄所订条约，暨《陆路通商章程》，已届第四次十年期满……现在俄国正式政府，尚未成立，无从提议。政府为利便两国商务起见，现经决定：在中俄未改订新约以前，所有关于《中俄条约》及《通商章程》内规定之三分减一税法，暨免税区域，免税特品各种办法，自本年4月1日起，应即毋庸继续履行。嗣后俄商由俄国运来货物，及在中国运出洋土各货，应完进出口税项，均照现行海关进出口税则完纳，以昭公允。”这道命令下后，俄人有不满意的说：中国不应不同他商量。姑无论现在有没有商量的必要；而报载第三次期满时，俄国未得我国同意，即将交界百里内免税的章程取消；有1913年前东海滨省税务监督奉俄政府命令所出布告为凭。此项证据，业经被我国搜得。则替他交涉，更不怕没有理由了。总之税法要适合时势，中国各项税法，几于都是很陈旧而不适于时势的，所以不得不谋改订。《陆路通商章程》亦是其中之一，倒也不单为增加区区的税入。《满韩国境关税减轻协定》，原是援照俄国之例而来。所以《中俄陆路通商章程》废后，中国虽通告日本，要求将此项协定，亦行废止。日本说：英法在缅越，亦有减税办法。日本对中国，是有最惠国条约的。此项《减税协定》，只能依照《九国关税条约》，由特别会议秉公调剂，不能因《中俄陆路通商章程》废止而受影响，所以当时还是照旧。