一段时间过后，唐纳德·福尔希斯才将自己被性侵的事情告诉了父亲，他的父亲立刻报了警，警方随即逮捕了盖西。虽然盖西矢口否认，但经过测谎测试发现，他有说谎的嫌疑。于是，警方指控盖西犯有强奸罪。
可是，在盖西即将被审判时，福尔希斯却遭到他人的袭击和殴打，还被警告不许出庭作证指控盖西。福尔希斯父亲得知这件事后立刻报了警，认为是盖西指使他人做的。后来，警方调查发现，确实是盖西指使一名青年袭击了福尔希斯，而且那名青年也承认这一事实。
最终，在1968年，约翰·韦恩·盖西被判犯有强奸罪，在监狱服刑10年。不过，在此期间，盖西有假释的机会。而在被判刑的当天，他的妻子诉请离婚。
在被监禁18个月后，盖西得到了12个月的假释保证期机会。获得假释后，盖西搬到了芝加哥，与母亲住在一起，并在一家餐馆中当起了厨师。表面看来，盖西似乎要洗心革面，重新做人，其实不然，他又开始干起了自己的“老本行”。
在1971年，他在一个巴士总站将一名十几岁的男孩诱骗到自己的车上，并对其性侵。虽然男孩报了警，可是在法院审判当天，男孩却没有出庭，最终控诉被驳回。其实，那名男孩也是遭到盖西指使的人威胁甚至暴打，因此他才没有出现在法庭上。