机会终于来了，国家最高委员会副主席穆罕默德·伊德里斯·阿卜杜拉少将率领一个5人军事代表团访问莫斯科，这5名高级军官均执掌了重要的军职；国家最高委员会主席赛义德·伊斯梅尔·阿扎里也动身前往扎伊尔进行国事访问，尼迈里等人决定即刻发动政变，成立了秘密的革命指挥委员会。
尼迈里能集聚的武装力量总共只有434人，其中伞兵250人，装甲兵170人和14名军官，这点力量与近3万人的政府军较量，实在是微不足道。在这有限兵力的情况下，尼迈里决定采取集中兵力占领军政重要机构、逮捕军政要员的突击战略，以达到控制首都的计划，从而宣布建立军人政权。
短促交火
1969年5月25日凌晨，政变部队集中后向喀土穆市区移动。根据政变指挥部的安排，首先集中全力进攻陆军司令部，经过短促的交火，占领了司令部，随即占领了电台和通讯机构，控制了宣传工具，切断了首都与外省的一切通讯和交通联系，以防止忠于政府的军队反攻。在政变行动获得部分成功后，一部分首都治安部队和警察加入了政变的行列，政变力量骤然增加，增强了尼迈里等政变领导者的信心。随后，各小分队按名单逮捕军政要员，把他们集中拘禁在陆军司令部和喀土穆宾馆，其中包括武装部队总参谋长德伊法拉少将、政府总理穆罕默德·艾哈迈德·马哈古卜，还逮捕了极右和好斗的苏丹穆斯林兄弟会的领袖和主要成员。在控制了首都后，即宣布在全市实施戒严，以防止反政变力量的聚集。